Allgemeines:
Als Mission wird ein Auftrag bezeichnet, der einem Ninjadorf gestellt wird und den es mithilfe seiner Shinobi ausführt. Da Missionen die Haupteinnahmequelle der Ninjadörfer sind, besteht der Alltag der Shinobi daraus, verschiedenste Missionsanfragen mit ihren Teams auszuführen – in der Regel bestehen diese aus vier Mann. Das Honorar ist schlussendlich die Grundlage der gesamten Finanzierung der Ninjadörfer - daher bekommt das Team letztendlich nur einen kleinen Teil von jenem. Deshalb hängt die Macht eines Reiches, oder des damit verbunden Dorfes, auch von seinem Ruf und der damit verbundenen Nachfrage bei Auftraggebern ab, der durch möglichst viele erfüllte Missionen verbessert wird. Eine Mission kann von einem externen Klienten vergeben werden, der dann das Dorf für die Erfüllung bezahlt, sie kann jedoch auch vom Dorf selbst in Auftrag gestellt werden, um dessen wirtschaftliche oder politische Macht zu erhalten, beziehungsweise zu stärken. In Kriegszeiten können auch Missionen vergeben werden, welche darauf abzielen die Position der gegnerischen Parteien zu schwächen, bzw. verbündeter zu stärken.

Missionsränge:

D-Rang
Unter D-Rang Missionen fallen sehr einfache Aufgaben, also leichte Aufträge, welche weder Kampf noch lebensgefährlichen Einsatz abverlangen. Daher werden sie hauptsächlich von Genin ausgeführt. Wenn ein Genin, ein Chuunin werden möchte, muss er insgesamt 8 D-Rang Missionen absolviert haben. Beispiele für D-Rang Missionen wären: Suche nach entlaufenen Haustieren, Hilfe bei der Feldarbeit oder Babysitten. Das Honorar für das gesamte Team beträgt 5.000 bis 50.000 Ryou. Durch die Absolvierung erhält jeder Shinobi 1 Trainingspunkt.

C-Rang
Dies sind typische Missionen, die von Chuunin und erfahrenen Genin ausgeführt werden. Bei C-Rang Missionen besteht Verletzungsgefahr für die Ausführenden. Zu den Aufgaben gehören unter anderem: Übermittlung von Botschaften, Leibwache; Beschattung; Einfangen von gefährlichen Tieren; Abwehr und Bekämpfung oder Personenschutz. Das Honorar für das gesamte Team beträgt 30.000 bis 100.000 Ryou. Durch die Absolvierung erhält jeder Shinobi 2 Trainingspunkte.

B-Rang
Eine solche Mission wird meistens von Jounin oder erfahrenen Chuunin ausgeführt - in den seltensten Fällen sogar von sehr erfahrenen Genin. Missionen des B-Rangs sind wesentlich gefährlicher. Es ist bei solch einer Mission schon unwahrscheinlicher, dass man sie unverletzt beendet, da ein Feindkontakt in Form von gegnerischen Ninja durchaus möglich ist. Eine B-Rang Mission kann beispielsweise: Spionage, Leibwache, ein Attentat auf einen Ninja oder die Teilnahme an einem Krieg sein. Das Honorar für das gesamte Team beträgt 80.000 bis 200.000 Ryou. Durch die Absolvierung erhält jeder Shinobi 3 Trainingspunkte.

A-Rang
Missionen des A-Rangs zeichnen sich durch einen hohen Schwierigkeitsgrad aus. Sie sind sehr gefährlich und es kann sogar vorkommen, dass man von einem solchen Einsatz nicht mehr lebendig zurückkehrt. Diese Missionen werden deshalb normalerweise von erfahrenen Jounin und - in selteneren Fällen - von sehr erfahrenen Chuunin ausgeführt. Der Inhalt einer A-Rang Mission kann zum Beispiel: die Bewachung einer wichtigen Persönlichkeit, der Kampf gegen eine Ninjatruppe, der Erhalt der Sicherheit des Reiches und Dorfes oder die Teilnahme an einem Krieg sein. Das Honorar für das gesamte Team beträgt 150.000 bis 1.000.000 Ryou. Durch die Absolvierung erhält jeder Shinobi 4 Trainingspunkte.

S-Rang
Diese Mission sind die schwersten und gefährlichsten, die es überhaupt gibt. Nicht selten kehren Teams unvollständig von S-Rang Missionen zurück, weil Mitglieder im Kampf gefallen sind. In der Regel werden nur sehr erfahrene Jounin oder Spezialeinheiten zu ihnen geschickt. Solche Missionen sind meist geheim und haben einen politischen Hintergrund. S-Rang Missionen sind beispielsweise oftmals: Attentate auf wichtige Persönlichkeiten, Transporte von geheimen Dokumenten oder die Teilnahme an einem Krieg. Das Honorar für das gesamte Team beträgt mehr als 1.000.000 Ryou. Durch die Absolvierung erhält jeder Shinobi 5 Trainingspunkte.

Verteilung:
Alle Missionen sind nach Schwierigkeit und Gefährlichkeit in eine von fünf Missionskategorien eingeordnet. Diese sollen sicherstellen, dass eine Mission nur den Shinobi zugänglich gemacht wird, die die nötigen Fähigkeiten dafür besitzen, um sie erfolgreich abzuschließen zu können. Je nach Rang der Mission hängt die Bezahlung des Kunden ab und welche Shinobi die Missionen ausführen können. Das Oberhaupt des Dorfes, bzw. der Kage verteilt letztendlich die Missionen. Im Kriegsfall beispielsweise oder wenn zu wenig Shinobi im Dorf sind, kann es sein, dass Genin auch schon mal schwerere Missionen als D- und C-Rang übernehmen müssen, genauso ist es bei den Chuunin der Fall.