Als Kingdom Hearts eines Tages endgültig verschwand, glaubten manche Menschen, dass es erst zurückkehren würde, wenn alle Welten von der Dunkelheit befreit wurden. Nach sehr langer Zeit schlossen sie sich deshalb unter der Führung von Meister Yen Sid und seinen beiden Generälen Cloud und Leon, den Kriegern des Lichts an. Andere wiederum dachten, einzig und allein die Zerstörung dieser Welten, könnten Kingdom Hearts dazu bewegen sein Antlitz erneut zu zeigen, um schließlich einen erlösenden Neuanfang zu beginnen, also wurden sie zu den Vasallen der Dunkelheit, welche von König Ximyck und seinen zwei Generälen Sephiroth und Osrax angeführt wurden. Als jede Seite ihren Zug machte, bildeten sich jedoch langsam zwei verschiedene Kingdom Hearts: ein weißes, das des Lichts, und ein schwarzes, das der Dunkelheit. Je öfter die beiden Parteien bei ihrem Plan Erfolg hatten, desto mehr gedieh ihr jeweiliges Kingdom Hearts. Allerdings schien es so, als könnte man sie nur öffnen, sofern sie vollständig ausgebildet waren, da deren Türen noch kein Schlüsselloch besaßen. Und so setzten Licht und Dunkelheit ihren erbitterten Kampf weiter fort...