Allgemeines:
Die Naturelemente sind ein wichtiger Bestandteil der Jutsu - genau wie Ninpou, so genannte elementarlose Jutsu, für welche nur reines Chakra verwendet wird; also ohne zusätzliche Vermischung mit Elementchakra. Einige von diesen Naturelementen gehören auch zum Grundstein vieler Shinobi. Grundsätzlich unterteilen sich die Elemente in Haupt- und Sonderelemente. Die fünf Hauptelemente sind Katon (Feuer), Suiton (Wasser), Doton (Erde), Fuuton (Wind) und Raiton (Blitz) - sie gelten als Grundelemente und können im Normalfall von den meisten Ninja erlernt werden. Sonderelemente wären z. B. Youton (Lava), Hiton (Licht) oder Shouton (Kristall), diese unterliegen jedoch einem Kekkei Genkai und sind angeboren - also gelten sie als so genannte Spezialelemente. Shinobi mit einem Sonderelement dürfen ansonsten kein anderes Element beherrschen.
Oftmals ist einem Element immer einem anderen Element überlegen und somit logischerweise wiederum einem anderen Element unterlegen - doch es gibt ebenso genug Ausnahmen, jeder Angriff ist situationsabhängig und jedes Element hat seine Vor- und Nachteile. Zudem sei gesagt, dass durch die Ausnutzung der Umgebung (auch genannt Umgebungsvorteil) der Chakraverbrauch von Elementjutsu verringert werden kann. Genin dürfen höchstens immer nur ein Element beherrschen, Chuunin hingegen zwei und Jounin – wenn sie richtige Ninjutsu-Experten sind, also solche Shinobi, die sich fast vollkommen auf Ninjutsu spezialisiert haben – sogar drei erlernen.

Hauptelemente:
Katon (Feuerelement)

Mit dem Feuerelement entwickelt man heißes Chakra. Dieses formt man schließlich zu einem Jutsu – es kann auch umliegendes Feuer genutzt werden. Katon ist in der Lage vieles zu verbrennen oder anzuzünden, somit produziert es einen moderaten Chakraverbrauch. Es eignet sich besonders für Angriffe, allerdings lässt es sich nur schwer formen und auch die Form selbst ist schwer im Zaum zu halten. Im Regelfall ist dieses Element besonders gegen Suiton anfällig. Es ist jedoch genauso möglich das Feuer mit einem sehr starken Fuuton-Jutsu zu löschen oder es mit einem großflächigen Doton-Jutsu zu ersticken. Mithilfe von kontrolliertem Einsatz des Windelements kann es sogar weiter angefacht werden. Auch eine Kombination mit flüssigem Doton – also Schlamm - ist möglich. Gegen Raiton kann Katon unter Umständen ebenfalls unterliegen.

Suiton (Wasserelement)

Das Wasserelement eignet sich am besten zur Formveränderung – lässt sich sogar härten - allerdings benötigt es am besten eine Quelle, da es ansonsten sehr viel Chakra benötigt. Suiton ist in seiner flüssigen Form selten tödlich und kann mithilfe von Doton-Jutsu schnell zu nutzlosem Schlamm werden und sich verfestigen. Sehr starke Katon-Jutsu können das Wasser auch verdampfen. Ferner ist ein starkes Fuuton-Jutsu in der Lage die Richtung des Wassers umzuleiten, womit Suiton-Jutsu abgewehrt werden können. Das Windelement kann jedoch auch gut mit Suiton kombiniert werden und es somit z. B. zu einem starken Wasserwirbel formen. Bei Raiton verhält es sich ähnlich, weil das Wasser die Elektrizität sehr gut leitet – es können damit noch stärkere Jutsu erschaffen werden. Wenn beabsichtigt, lässt es sich sogar mit Doton kombinieren.

Doton (Erdelement)

Mit dem Erdelement kann man den Härtegrad und Beschaffenheit aller Dinge verändern, meist wird die Umgebung dazu verwendet, aber nicht selten auch der eigene Körper. Es ist möglich dem Element eine Eisenhärte oder aber eine schlammartige Formbarkeit verleihen. Doton eignet sich z. B. gut, um Gegner festzunageln – mit Schlamm beispielsweise. Normalerweise verbraucht es nicht soviel Chakra, weil man oftmals seinen Körper dabei einsetzt. Das Formen dieses Elements ist schwer, das Kontrollieren jedoch nicht. Gegen Suiton ist es im Vorteil, weil es das flüssige Element schnell verklumpen kann, was es wiederum nutzlos macht. In seiner festen Form ist Doton auch gut gegen Fuuton gewappnet, jedenfalls solange es keinen starken Jutsu standhalten muss. Ein großer Einsatz vom Erdelement kann sogar Feuer ersticken. In Schlammform kann es wiederum mit Katon kombiniert werden – sogar teilweise mit Fuuton. Raiton zerschlägt oder zerstäubt Doton meist mühelos.

Fuuton (Windelement)

Das Windelement ist sehr schwer in Form zu bringen – jedoch leicht zu kontrollieren – und es kostet viel Chakra, darum nutzt man am besten Windböen um sich herum – falls kein windstiller Tag vorherrscht. Manche Shinobi benutzen auch Hilfsmittel wie beispielsweise Fächer. Von allen Elementen ist es das was am meisten Schaden anrichten kann, weil durch den Einsatz z. B. extrem scharfe Windsicheln erschaffen werden können. Waffen kann man zudem leicht eine klingenähnliche Eigenschaft beifügen. So erhöht es beispielsweise die Schneidekraft und Reichweite einer Waffe. Fuuton kann Raiton schnell auflösen. Suiton und Doton mit ein wenig mehr Mühe. Sogar Katon, jedoch sind dafür sehr starke Jutsu nötig. Mit Elementen wie Feuer, Erde und Wasser lässt es sich manchmal gut kombinieren. Gegen die meisten Katon-Jutsu ist es letztendlich jedoch im Nachteil.

Raiton (Blitzelement)

Mit dem Blitzelement - welches im Übrigen blau ist - kann man einen elektrischen Schlag hervorrufen oder sogar Blitze beschwören – womit man diesem Element eine hohe Zerstörungskraft nachsagen kann - jedoch verbraucht es sehr viel Chakra und es zu kontrollieren ist nicht minder schwer, darum nutzt man auch gerne dunkle Wolken oder Elektrizität um sich herum, um Jutsu zu benutzen. Allerdings eignet sich Raiton gut, wenn es darum geht zu leiten, was wiederum weniger Chakra und Kontrolle benötigt. Beispielsweise kann das Raiton-Chakra durch metallene Dinge wie z. B. Drähte, Wasser, Waffen o. Ä. geleitet werden. Dies verstärkt oftmals die Wirkung und steigert die Möglichkeiten zur Benutzung. Die Elektrizität aber ohne ein Medium länger zu halten ist fast unmöglich. Gegen Fuuton hat Raiton fast keine Chance, wohingegen es so gut wie immer gegen Doton triumphiert. Situationsabhängig hat es auch gegen Katon einen Vorteil.

Sonderelemente:
Youton (Lavaelement)

Das Lavaelement kann sowohl fest, als auch flüssig in Erscheinung treten - dies hängt vom Jutsu ab, von flüssiger Lava, bis hin zu Lavagestein und sogar ungelöschtem Kalk ist alles vertreten. Je nach Beschaffenheit ist das Element leicht oder schwer zu formen und zu kontrollieren - der Chakraverbrauch ist relativ normal. Mit dem Einsatz von Youton können in sekundenschnelle ganze Lavaseen erschaffen, oder andere Umgestaltungen in der Landschaft vorgenommen werden. Der größte Vorteil liegt aber vermutlich darin, dass Lava grundsätzlich extrem heiß ist und immer schwere Verbrennungen hervorrufen kann. Nicht selten kann es dem feindlichen Shinobi auch schon mal ein Körperteil kosten, daher stuft man es als extrem gefährlich ein. Youton-Nutzer sind in der Lage Dinge regelrecht einzuschmelzen. So können sie Löcher in Wände brennen und diese auch bei Bedarf wieder versiegeln, indem sie die Lava erstarren bzw. erkalten lassen. In der Gegend eines Vulkans kann sogar der Chakraverbrauch verringert werden, da Lava beispielsweise aus der Erde geholt werden kann. Das Element ist im Grunde eigentlich keinem anderen so richtig unterlegen, vielleicht bis auf Wasser, welches in Massen eingesetzt manche Jutsu des Youton abkühlen kann. Alles in allem sind die Stärken und Schwächen durchaus situationsabhängig - auch wegen der verschiedenen Beschaffenheiten des Elements.

Hiton (Lichtelement)

Mit dem Lichtelement ist es möglich per Chakraeinsatz sehr heiße, gelbe Strahlen zu erschaffen, welche in der Lage sind sich durch Dinge zu brennen, Feuer zu entfachen und Flüssigkeiten verdampfen zu lassen - ähnlich der Kraft der Sonne. Natürlich verursacht die Anwendung des Hiton Verbrennungen am Körper der Feinde, besonders starke Jutsu können sie aufgrund der großen Hitze sogar zu Staub verwandeln oder zumindest das Fleisch von den Knochen brennen. Zudem ist ein Nutzer dieses Elements in der Lage seinen Gegner zu blenden, wenn es sein muss - die Einsatzmöglichkeiten sind vielfältig. Insgesamt gesehen lässt sich das Lichtelement schwer kontrollieren - der Chakraverbrauch ist dementsprechend hoch, weil reines Licht erschaffen wird. Die Jutsu können auch bei Nacht angewendet werden, kosten dort allerdings mehr Chakra. Logischerweise mindert sich bei einem sonnigen Tag der Chakraverbrauch beim Einsatz der Jutsu. Im Grunde genommen kann das Lichtelement gegen einige Elemente gut bestehen, doch es hat sicherlich auch seine Schwächen, wie jedes andere Element auch - jedoch liegen diese eher in den Bereichen außerhalb der Hauptelemente, z. B. beim Shouton.

Shouton (Kristallelement)

Das Kristallelement lässt sich schwer formen, aber gut kontrollieren und der Chakraverbrauch ist relativ normal. Shouton kann kristallisierte Dinge und Kristalle manipulieren bzw. erschaffen - die Kristalle selbst sind dabei meistens purpur, können aber auch andere Farben haben. Bestehende Kristallstrukturen zu verändern kostet in der Regel weniger Chakra, als selber jene zu erzeugen. Des Weiteren ist dieses Element in der Lage jede Art von Flüssigkeit – z. B. Tinte, Blut oder sogar die Feuchtigkeit in der Luft – zu kristallisieren, sowie alle massebehafteten Dinge. Doton, Suiton und Mokuton sind beispielsweise gegen Shouton nahezu völlig nutzlos, da diese aus fester Materie bestehen und sie somit einfach kristallisiert werden können. Die einzige Ausnahme bildet reine Energie und Chakra. Dadurch kann man mit Fuuton, Katon, Raiton und einer guten Chakrakontrolle gut gegen Shouton kontern. Wenn Shouton direkt auf Menschen angewendet wird, kann es dessen Zellen kristallisieren, ihn gefangen nehmen oder sogar töten falls der Kristall großen Schaden nimmt. Was bei solch einem Fall vom Kristall und dem Opfer übrigbleiben würde, wäre höchstens kristallener Staub. Shouton basiert auf einer Grundlage der Chemie, den Salzen. Dadurch, dass der Anwender die Atome eines Stoffes neu ordnen und in einem sogenannten Ionengitter anordnen kann, wird aus dem grundlegenden Stoff ein kristallisiertes Objekt. Dieser neue Kristall ist also im Grunde nur ein durch Chakra verschobenes Atomgitter. Das Shouton selbst kann, wenn man diesen Vorgang begreift, durch ein einfaches physikalisches Gesetz ausgeschaltet werden. Kann das Atomgitter nicht stabilisiert werden, kehrt es in seinen urprünglichen Zustand zurück, was bedeutet, dass Ultraschallwellen, die auf das zu kristallisierte Objekt treffen, die Gitteranordnung durch das Mitschwingen des Gitters zerstören können und somit ein Shoujutsu aufheben. Daher ist es unmöglich Chakra zu kristallisieren.